El mensaje de error que ves, "[Errno 13] Permission denied", indica que el usuario o proceso que intenta guardar datos en el directorio especificado (/var/cagefs/.../cl.php.d/) no tiene los permisos necesarios para hacerlo.

Aquí están los pasos que puedes seguir para resolver este problema:

Verifica los permisos:

Asegúrate de que el usuario que intenta guardar el archivo tenga los permisos adecuados para escribir en el directorio especificado. Puedes usar el comando ls -l para ver los permisos del directorio y sus directorios padres.

Propietario y grupo:

Verifica que la propiedad del directorio esté configurada correctamente para el usuario y el grupo. Es posible que necesites usar los comandos chown y chgrp para cambiar la propiedad si es necesario:

sudo chown -R username:groupname /var/cagefs/.../cl.php.d/

 Verifica SELinux o AppArmor (si aplica):

Si tu sistema usa SELinux o AppArmor, estos módulos de seguridad podrían estar impidiendo la escritura de archivos. Es posible que debas ajustar el contexto de seguridad o la política para permitir la escritura en este directorio.

Cuotas del sistema de archivos:

Verifica si existen cuotas en el sistema de archivos que puedan estar restringiendo la cantidad de datos que se pueden escribir en este directorio.

Configuración de CageFS:

CageFS es un sistema de archivos virtualizado. Asegúrate de que CageFS esté configurado correctamente y que el usuario que intenta escribir en este directorio esté incluido en el entorno de CageFS.

Solución temporal:

Si necesitas escribir en este directorio con urgencia, puedes intentar usar sudo (si tienes los privilegios necesarios) o contactar a tu administrador del sistema para que realice la tarea por ti.

Contacta al administrador del sistema o proveedor de alojamiento:

Si no puedes resolver el problema por tu cuenta, contacta a tu administrador del sistema o proveedor de alojamiento para obtener asistencia. Es posible que tengan políticas o configuraciones específicas que necesiten ser atendidas.

Recuerda reemplazar "username" y "groupname" en el comando chown con el nombre de usuario y grupo reales que deben ser propietarios del directorio. Además, ten cuidado al realizar cambios en los directorios del sistema, ya que cambios incorrectos en los permisos o la propiedad pueden causar otros problemas. Si tienes dudas, consulta con tu administrador del sistema o proveedor de alojamiento para obtener orientación.