Предупреждающее сообщение, которое вы предоставили, "CageFS jail error Failed to set permissions to... (Operation not permitted): Operation not permitted (1)", указывает на то, что CageFS сталкивается с проблемой прав доступа при попытке установить права доступа в среде заключения CageFS.

Вот шаги, которые вы можете предпринять для решения этой проблемы:

1. Проверьте права доступа пользователя:

   Убедитесь, что пользователь, выполняющий команды CageFS, имеет необходимые права для изменения файлов и директорий внутри заключения CageFS.

2. Запуск команд CageFS с правами root или с помощью sudo:

   Попробуйте выполнить команды CageFS с повышенными правами, используя sudo. Например:

   sudo cagefsctl --force-update
   

3. Проверьте политики SELinux или AppArmor:

   Если вы используете SELinux или AppArmor, они могут применяться политики безопасности, которые предотвращают выполнение некоторых операций. Проверьте эти политики, чтобы убедиться, что они не являются причиной проблемы.

4. Проверьте конфигурацию CageFS:

   Проверьте файлы конфигурации CageFS (например, /etc/cagefs/conf/cagefs.conf), чтобы убедиться, что они правильно настроены.

5. Переинициализируйте CageFS:

   Попробуйте переинициализировать CageFS, чтобы применить все изменения, которые вы внесли в конфигурацию. Вы можете сделать это с помощью следующей команды:

   cagefsctl --force-update
   

6. Проверьте диск или файловую систему:

   Выполните проверку файловой системы (fsck) на разделах, где CageFS пытается установить права доступа, чтобы убедиться, что они находятся в хорошем состоянии.

7. Проверьте системные журналы:

   Ознакомьтесь с системными журналами (/var/log/messages, /var/log/syslog и т. д.) для поиска любых соответствующих сообщений об ошибках или подсказок о том, что может быть причиной проблемы.

8. Обратитесь в службу поддержки хостинга или к поставщику услуг:

   Если вы не являетесь администратором сервера или если CageFS был предоставлен поставщиком хостинга, свяжитесь с ними для получения помощи. Возможно, они имеют определенные шаги или конфигурации, которые необходимо выполнить.

Помните, что изменения в конфигурации файловой системы могут иметь серьезные последствия, поэтому важно действовать с осторожностью и, если вы не уверены в некоторых шагах, обратиться за помощью к системному администратору или в службу поддержки.