El mensaje de advertencia que proporcionaste, "CageFS jail error Failed to set permissions to... (Operation not permitted): Operation not permitted (1)", indica que CageFS está encontrando un problema de permisos al intentar establecer permisos dentro del entorno del "jail" de CageFS.

Aquí tienes los pasos que puedes seguir para abordar este problema:

1. Verificar los permisos del usuario:

   Asegúrate de que el usuario que ejecuta los comandos de CageFS tenga los permisos necesarios para modificar archivos y directorios dentro del "jail" de CageFS.

2. Ejecutar los comandos de CageFS como root o con sudo:

   Intenta ejecutar los comandos de CageFS con privilegios elevados utilizando sudo. Por ejemplo:

   sudo cagefsctl --force-update
   

3. Verificar las políticas de SELinux o AppArmor:

   Si estás utilizando SELinux o AppArmor, podrían estar aplicando políticas de seguridad que impiden ciertas operaciones. Revisa las políticas para asegurarte de que no estén causando el problema.

4. Verificar la configuración de CageFS:

   Revisa los archivos de configuración de CageFS (por ejemplo, /etc/cagefs/conf/cagefs.conf) para asegurarte de que estén correctamente configurados.

5. Reinicializar CageFS:

   Intenta reinicializar CageFS para aplicar cualquier cambio que hayas realizado en la configuración. Puedes hacerlo con el siguiente comando:

   cagefsctl --force-update
   

6. Verificar problemas de disco o sistema de archivos:

   Ejecuta una comprobación del sistema de archivos (fsck) en las particiones donde CageFS está intentando establecer permisos para asegurarte de que están en buen estado.

7. Revisar los registros del sistema:

   Revisa los registros del sistema (/var/log/messages, /var/log/syslog, etc.) en busca de cualquier mensaje de error relevante o pistas sobre lo que podría estar causando el problema.

8. Contactar al proveedor de hosting o soporte:

   Si no eres el administrador del servidor o si CageFS fue proporcionado por un proveedor de hosting, contacta con ellos para obtener ayuda. Ellos pueden tener pasos o configuraciones específicas que se requieran.

Recuerda que hacer cambios en la configuración del sistema de archivos puede tener consecuencias graves, por lo que es importante proceder con precaución y considerar la posibilidad de pedir ayuda a un administrador del sistema o soporte si no estás seguro de algún paso específico.